Mega Man Zero 3 es la última incorporación a la popular serie, en la que asumirás el papel de Zero para investigar un accidente de nave espacial. Una nave espacial se estrelló contra nuestra atmósfera, lo que resultó en la emisión de energía oscura. Tienes que ayudar a Zero a investigar el asunto con la ayuda de sus geniales armas, Z-Saber, Buster y Shield Boomerang. También se ha agregado una nueva arma, se llama Recoil Rod.
