Mega Man Zero 3 — це новітнє доповнення до популярної серії, де ви візьмете на себе роль Зеро, щоб розслідувати аварію космічного корабля. Космічний корабель врізався в нашу атмосферу, що призвело до випромінювання темної енергії. Ви повинні допомогти Зеро розслідувати справу за допомогою його суперкрутої зброї, Z-Saber, Buster і Shield Boomerang. Також була додана нова зброя, вона називається Recoil Rod.
