Pokemon Jupiter — це злом ПЗУ Pokemon Ruby, який перенесе вас у подорож, що виходить за рамки звичайних пригод. Ви граєте за жителя Мінойської цивілізації на ім'я Іван, який уникнув жахливої повені, що загрожувала його батьківщині. У світі покемонів Іван знаходить таємничого супутника на ім'я Харон. Айвен розлучається з Хароном і незабаром виявляє, що він повинен покладатися на покемонів, щоб орієнтуватися в цій новій землі та виконати свою місію. За допомогою місцевого тренера Рейчел Айвен починає свій пошук, щоб знайти дорогу назад і врятувати свою цивілізацію.
